举兵以前的2月6日，萨军就召开了一次作战会议，会上否决了西乡隆盛之弟西乡小兵卫提出的占领长崎以保证物资供应、阻止官军从水路攻击，并趁熊本镇台援救长崎时占领熊本，以期完全控制九州的提案，直接强攻熊本城。

朝廷方面对叛乱也有所防备，2月6日，6军卿山县有朋就密令熊本镇台防备鹿儿岛暴动，12日又与伊藤博文、川村纯义进一步商议出兵，经太政大臣三条实美同意后进行了编制讨伐部队的准备。19日天皇颁布敕令，正式组成了由两个旅团编成的“征讨军团”，任命有栖川宫炽仁亲王为征讨总督，山县有朋6军中将、黑田清隆6军中将、川村纯义海军中将任参军。后征讨军团增至8个旅团，总计有步兵五十五个大队，炮兵六个大队，工兵一个大队，另有辎重兵、骑兵和其他部队，合计58858人。

海军出动十九艘军舰，兵员228o人。8